Podatek VAT jest rozliczany tzw. metodą memoriałową. Oznacza to, że trzeba go płacić niezależnie od tego czy  kontrahent zapłacił za dostarczone mu towary lub świadczone usługi.

Tzw. Mali Podatnicy mogą wybrać kasową metodę rozliczania.

Status małego podatnika przysługuje tym przedsiębiorcom, u których sprzedaż, zawierająca wliczoną już kwotę podatku VAT, nie przekroczyła w poprzednim roku kwoty równowartości 1,2 mln euro. Górny limit sprzedaży za rok 2011 uprawniający do uznania za małego podatnika wynosi zatem 5,324 mln zł.

Metoda kasowa stanowi uproszczoną formę rozliczeń, polegającą na tym, że obowiązek podatkowy powstaje z dniem uregulowania całości lub części należności, nie później jednak niż 90 dnia od dnia wydania towaru lub wykonania usługi. Oznacza to, że obowiązek odprowadzenia VAT-u zostaje odsunięty w czasie i jest liczony od momentu otrzymania od klienta zapłaty (z uwzględnieniem 90. dniowego okresu), podobnie jak prawo do odliczenia kwoty VAT od nabytych zakupów do czasu faktycznego uiszczenia za nie należności.

Jeżeli podatnik stosuje zasadę kasową rozliczeń na fakturze od małego podatnika w miejsce oznaczenia „FAKTURA VAT” stosuje się oznaczenie „FAKTURA VAT-MP” oraz dodatkowo zawiera się termin płatności należności określonej w fakturze.

Nasze Rejestry Vat w systemie Finansowo Księgowym oraz w programie Księga Przychodów i Rozchodów i Fakturowanie przystosowane są do prowadzenia takich metod rozliczeń podatku Vat. Podatek można rozliczać w okresie miesięcznym lub kwartalnym.